Բաժնի հիմնական գործառույթներն են՝
1) Կազմակերպում է գաղտնիության ռեժիմի ապահովման միջոցառումներ բոլոր տեսակի գաղտնի աշխատանքներ կատարելիս, գաղտնի փաստաթղթերին առնչվելիս.
2) կազմակերպում և վարում է գաղտնի գործավարության, գաղտնի փաստաթղթերի բազմացման, հաշվառման, պահպանման և օգտագործման Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությամբ սահմանված կարգի պահանջների կատարումը.
3) մշակում է նախարարության կառուցվածքային ստորաբաժանումների և ենթակա մարմինների և կազմակերպությունների ղեկավարների հետ պաշտոնների անվանակարգությունը.
4) մասնակցում է գաղտնի տեղեկությունների հրապարակման փաստերի, գաղտնի տեղեկություններ պարունակող փաստաթղթերի կորստի և գաղտնիության ռեժիմի մյուս խախտումների վերաբերյալ ծառայողական քննության անցկացմանը.
5) կազմակերպում է Նախարարության կառուցվածքային ստորաբաժանումների, ենթակա մարմինների ու կազմակերպությունների, Նախարարության համակարգի կազմակերպությունների, ՀՀ մարզպետների աշխատակազմերի և 5000 և ավելի բնակչություն ունեցող համայնքների ռեժիմային գաղտնի մարմիններում պատասխանատու աշխատակիցներին կազմակերպամեթոդական աջակցությունը և համակարգելու նպատակով՝ մասնագիտական ուսումնասիրությունների անցկացումը.
6) ապահովում է պետական և ծառայողական գաղտնիք կազմող տեղեկություններին իրազեկ լինելու իրավունք ստանալու կամ Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությամբ սահմանված կարգով ծանոթանալու թույլտվությունը ձևակերպելու աշխատանքները.
7) ապահովում է Նախարարության աշխատակիցների հետ գաղտնիության ռեժիմի պահպանության և նրանց զգոնության բարձրացման նախազգուշացման աշխատանքները.
8) ապահովում է Նախարարության համակարգի աշխատող պահեստազորայինների ամրագրման աշխատանքների ապահովումը, նրանց զինվորական հաշվառման, պահեստազորային պատրաստության միջոցառումներին և զորահավաքային զորակոչին ներգրավման ուղղությամբ անհրաժեշտ աշխատանքները զինվորական հաշվառում իրականացնող մարմինների հետ.
9) ապահովում է Նախարարության, Նախարարության ենթակա մարմինների, Նախարարության համակարգի զորահավաքային առաջադրանք կատարող կազմակերպությունների գործունեությունը ռազմական դրության աշխատանքային ռեժիմի փոխադրման աշխատանքների կազմակերպումը.
10) ապահովում է զորահավաքային նախապատրաստության ծրագրերի, պլանների մշակման աշխատանքների իրականացումը.
11) ապահովում է զորահավաքային նախապատրաստության մասով՝ պետական պաշտպանական պատվերի (առաջադրանքի) կատարումն ապահովող միջոցառումների նախապատրաստման աշխատանքները.
12) կազմակերպում է Հայաստանի Հանրապետության պաշտպանության նախարարության հետ պատերազմի ժամանակ գործելու և զորահավաքային պատրաստականության խնդիրների և գործառույթների համաձայնեցումը.
13) ապահովում է զորահավաքային պլանների կատարման և զորահավաքային ծավալման ու քաղաքացիական պաշտպանության ուսումնական վարժանքների անցկացման աշխատանքները.
14) ապահովում է քաղաքացիական պաշտպանության պլանների մշակման աշխատանքները.
15) ապահովում է ղեկավար կազմի քաղաքացիական պաշտպանության գծով պատրաստման աշխատանքները.
16) ապահովում է Նախարարության հիմնական մասնագիտական կառուցվածքային և աջակցող մասնագիտական կառուցվածքային ստորաբաժանումների, ենթակա մարմիններ ու կազմակերպությունների կողմից քաղաքացիական պաշտպանության գծով պարտականությունների կատարման նկատմամբ հսկողության աշխատանքները:
17) Պաշտպանության մասին, Ռազմական դրության իրավական ռեժիմի մասին և Քաղաքացիական պաշտպանության մասին Հայաստանի Հանրապետության օրենքներով, դրանցից բխող նորմատիվ իրավական ակտերով Նախարարության համար սահմանված այլ միջոցառումների իրականացման ապահովումը։
